MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S-1 plasmid S57

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014629	A	7	7	292	298	100 %	0 %	0 %	0 %	312193365
2	NC_014629	A	6	6	353	358	100 %	0 %	0 %	0 %	312193365
3	NC_014629	TAA	2	6	390	395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193365
4	NC_014629	TGA	2	6	435	440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193365
5	NC_014629	ATT	2	6	476	481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193365
6	NC_014629	CCG	2	6	494	499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	312193365
7	NC_014629	CAC	2	6	537	542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312193365
8	NC_014629	CTT	2	6	578	583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193365
9	NC_014629	AAC	2	6	613	618	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193366
10	NC_014629	CAT	2	6	679	684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193366
11	NC_014629	TTGTT	2	10	766	775	0 %	80 %	20 %	0 %	312193366
12	NC_014629	T	6	6	774	779	0 %	100 %	0 %	0 %	312193366
13	NC_014629	ACC	2	6	784	789	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312193366
14	NC_014629	GTTG	2	8	802	809	0 %	50 %	50 %	0 %	312193366
15	NC_014629	CCA	2	6	810	815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312193366
16	NC_014629	GT	3	6	834	839	0 %	50 %	50 %	0 %	312193366
17	NC_014629	TTA	2	6	860	865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193366
18	NC_014629	TCT	2	6	922	927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193367
19	NC_014629	CGG	2	6	930	935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312193367
20	NC_014629	GGA	2	6	943	948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312193367
21	NC_014629	TA	3	6	956	961	50 %	50 %	0 %	0 %	312193367
22	NC_014629	TGA	2	6	970	975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193367
23	NC_014629	T	6	6	976	981	0 %	100 %	0 %	0 %	312193367
24	NC_014629	TTG	2	6	987	992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193367
25	NC_014629	TAG	2	6	1010	1015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193367
26	NC_014629	TAC	2	6	1026	1031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193367
27	NC_014629	T	6	6	1088	1093	0 %	100 %	0 %	0 %	312193367
28	NC_014629	TAA	2	6	1186	1191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193367
29	NC_014629	CGT	2	6	1202	1207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312193367
30	NC_014629	TTG	2	6	1245	1250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193367
31	NC_014629	TTA	2	6	1264	1269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193367
32	NC_014629	TGTT	2	8	1318	1325	0 %	75 %	25 %	0 %	312193367
33	NC_014629	T	6	6	1351	1356	0 %	100 %	0 %	0 %	312193367
34	NC_014629	CCT	2	6	1358	1363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	312193367
35	NC_014629	GTT	2	6	1370	1375	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193367
36	NC_014629	GTT	2	6	1409	1414	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193367
37	NC_014629	CTA	2	6	1427	1432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193367
38	NC_014629	TCT	2	6	1462	1467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193367
39	NC_014629	TCA	2	6	1469	1474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193367
40	NC_014629	ACTCA	2	10	1553	1562	40 %	20 %	0 %	40 %	312193368
41	NC_014629	ATC	3	9	1572	1580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193368
42	NC_014629	TTGTGG	2	12	1605	1616	0 %	50 %	50 %	0 %	312193368
43	NC_014629	GC	3	6	1936	1941	0 %	0 %	50 %	50 %	312193368
44	NC_014629	TTA	2	6	1981	1986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193368
45	NC_014629	A	6	6	2258	2263	100 %	0 %	0 %	0 %	312193369
46	NC_014629	T	6	6	2264	2269	0 %	100 %	0 %	0 %	312193369
47	NC_014629	AAAG	2	8	2275	2282	75 %	0 %	25 %	0 %	312193369
48	NC_014629	TGA	2	6	2292	2297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193369
49	NC_014629	TCAA	2	8	2388	2395	50 %	25 %	0 %	25 %	312193369
50	NC_014629	TTATT	2	10	2485	2494	20 %	80 %	0 %	0 %	312193369
51	NC_014629	CGCC	2	8	2590	2597	0 %	0 %	25 %	75 %	312193369
52	NC_014629	AGA	2	6	2607	2612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312193369
53	NC_014629	ATA	2	6	2623	2628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193369
54	NC_014629	A	8	8	2658	2665	100 %	0 %	0 %	0 %	312193369
55	NC_014629	TA	3	6	2697	2702	50 %	50 %	0 %	0 %	312193369
56	NC_014629	ATTT	2	8	2811	2818	25 %	75 %	0 %	0 %	312193370
57	NC_014629	TTG	2	6	2875	2880	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193370
58	NC_014629	CAA	2	6	2967	2972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193371
59	NC_014629	ATA	2	6	3084	3089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193371
60	NC_014629	CAC	2	6	3091	3096	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312193371
61	NC_014629	ATA	2	6	3112	3117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193371
62	NC_014629	ATTTT	2	10	3192	3201	20 %	80 %	0 %	0 %	312193371
63	NC_014629	TTA	2	6	3264	3269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193371
64	NC_014629	T	6	6	3275	3280	0 %	100 %	0 %	0 %	312193371
65	NC_014629	T	6	6	3473	3478	0 %	100 %	0 %	0 %	312193371
66	NC_014629	CTT	2	6	3497	3502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193371
67	NC_014629	T	6	6	3505	3510	0 %	100 %	0 %	0 %	312193371
68	NC_014629	A	6	6	3538	3543	100 %	0 %	0 %	0 %	312193371
69	NC_014629	TCT	2	6	3586	3591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193371
70	NC_014629	TCT	2	6	3672	3677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193371
71	NC_014629	TG	3	6	3712	3717	0 %	50 %	50 %	0 %	312193371
72	NC_014629	GCT	2	6	3743	3748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312193371
73	NC_014629	GTG	2	6	3790	3795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312193371
74	NC_014629	GAA	2	6	3810	3815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312193371
75	NC_014629	TTA	3	9	3846	3854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193371
76	NC_014629	GAA	2	6	3867	3872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312193371
77	NC_014629	T	6	6	3875	3880	0 %	100 %	0 %	0 %	312193371
78	NC_014629	CTAA	2	8	3888	3895	50 %	25 %	0 %	25 %	312193371
79	NC_014629	T	6	6	3955	3960	0 %	100 %	0 %	0 %	312193372
80	NC_014629	GAT	2	6	4031	4036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193372
81	NC_014629	T	6	6	4036	4041	0 %	100 %	0 %	0 %	312193372
82	NC_014629	TAT	2	6	4093	4098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193372
83	NC_014629	CTAATT	2	12	4235	4246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312193372
84	NC_014629	T	7	7	4250	4256	0 %	100 %	0 %	0 %	312193372
85	NC_014629	CAA	2	6	4281	4286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193372
86	NC_014629	CAT	2	6	4293	4298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193372
87	NC_014629	AAT	2	6	4305	4310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193372
88	NC_014629	T	6	6	4376	4381	0 %	100 %	0 %	0 %	312193372
89	NC_014629	ATT	2	6	4417	4422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193372
90	NC_014629	ATATT	2	10	4433	4442	40 %	60 %	0 %	0 %	312193372
91	NC_014629	AG	3	6	5082	5087	50 %	0 %	50 %	0 %	312193374
92	NC_014629	A	6	6	5106	5111	100 %	0 %	0 %	0 %	312193374
93	NC_014629	CAGGAA	2	12	5130	5141	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	312193374
94	NC_014629	TAA	2	6	5249	5254	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193374
95	NC_014629	GAT	2	6	5262	5267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193374
96	NC_014629	AGT	2	6	5276	5281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193374
97	NC_014629	T	6	6	5285	5290	0 %	100 %	0 %	0 %	312193374
98	NC_014629	TGA	2	6	5297	5302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193374
99	NC_014629	A	7	7	5308	5314	100 %	0 %	0 %	0 %	312193374
100	NC_014629	TAA	2	6	5624	5629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193375
101	NC_014629	ATT	2	6	5652	5657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193375
102	NC_014629	ATG	2	6	5711	5716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193375
103	NC_014629	GAT	2	6	5725	5730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193375
104	NC_014629	CGA	2	6	5757	5762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193375
105	NC_014629	AT	3	6	5784	5789	50 %	50 %	0 %	0 %	312193375
106	NC_014629	CAAG	2	8	5792	5799	50 %	0 %	25 %	25 %	312193375
107	NC_014629	GTG	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312193375
108	NC_014629	GGA	2	6	5817	5822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312193375
109	NC_014629	AAT	2	6	5848	5853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193375
110	NC_014629	TGA	2	6	5895	5900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193375
111	NC_014629	TGA	3	9	5970	5978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193375
112	NC_014629	ATA	2	6	6000	6005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193375
113	NC_014629	CAG	2	6	6054	6059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193376
114	NC_014629	ATA	2	6	6072	6077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193376
115	NC_014629	CAC	2	6	6102	6107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312193376
116	NC_014629	CA	3	6	6132	6137	50 %	0 %	0 %	50 %	312193376
117	NC_014629	TAA	2	6	6139	6144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193376
118	NC_014629	CG	3	6	6173	6178	0 %	0 %	50 %	50 %	312193376
119	NC_014629	CGCA	2	8	6284	6291	25 %	0 %	25 %	50 %	312193376
120	NC_014629	AAAC	2	8	6419	6426	75 %	0 %	0 %	25 %	312193377
121	NC_014629	TGT	2	6	6527	6532	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193377
122	NC_014629	TAAA	2	8	6658	6665	75 %	25 %	0 %	0 %	312193377
123	NC_014629	A	6	6	6819	6824	100 %	0 %	0 %	0 %	312193377
124	NC_014629	ACG	2	6	6868	6873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193377
125	NC_014629	TTA	2	6	7056	7061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193377
126	NC_014629	CAA	2	6	7070	7075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193377
127	NC_014629	CGG	2	6	7160	7165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312193378
128	NC_014629	ATG	2	6	7243	7248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193378
129	NC_014629	CAA	2	6	7268	7273	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193378
130	NC_014629	CAA	2	6	7357	7362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312193378
131	NC_014629	TGT	2	6	7389	7394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193378
132	NC_014629	TGA	2	6	7404	7409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193378
133	NC_014629	TAA	2	6	7410	7415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193378
134	NC_014629	TAA	2	6	7530	7535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193378
135	NC_014629	A	6	6	7647	7652	100 %	0 %	0 %	0 %	312193378
136	NC_014629	AGC	2	6	7688	7693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193379
137	NC_014629	A	6	6	7699	7704	100 %	0 %	0 %	0 %	312193379
138	NC_014629	TAA	2	6	7723	7728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193379
139	NC_014629	A	7	7	7837	7843	100 %	0 %	0 %	0 %	312193379
140	NC_014629	AACAA	2	10	7866	7875	80 %	0 %	0 %	20 %	312193379
141	NC_014629	AAG	2	6	8158	8163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312193380
142	NC_014629	TGA	2	6	8202	8207	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193380
143	NC_014629	A	7	7	8207	8213	100 %	0 %	0 %	0 %	312193380
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146	NC_014629	TGA	2	6	8341	8346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193381
147	NC_014629	ATA	2	6	8440	8445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193381
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149	NC_014629	AATA	2	8	8670	8677	75 %	25 %	0 %	0 %	312193382
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152	NC_014629	CTT	2	6	9156	9161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193383
153	NC_014629	ACGA	2	8	9183	9190	50 %	0 %	25 %	25 %	312193383
154	NC_014629	TGA	2	6	9300	9305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193383
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156	NC_014629	TTTA	2	8	9394	9401	25 %	75 %	0 %	0 %	312193383
157	NC_014629	ATT	2	6	9406	9411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193383
158	NC_014629	TTCT	2	8	9454	9461	0 %	75 %	0 %	25 %	312193383
159	NC_014629	AGTA	2	8	9726	9733	50 %	25 %	25 %	0 %	312193383
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163	NC_014629	T	6	6	9937	9942	0 %	100 %	0 %	0 %	312193383
164	NC_014629	TGA	2	6	9976	9981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193383
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181	NC_014629	TAAG	2	8	11442	11449	50 %	25 %	25 %	0 %	312193388
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267	NC_014629	T	8	8	15519	15526	0 %	100 %	0 %	0 %	312193396
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395	NC_014629	TCA	2	6	21671	21676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193404
396	NC_014629	GTT	2	6	21696	21701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193405
397	NC_014629	CTT	2	6	21738	21743	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193405
398	NC_014629	GTT	2	6	21977	21982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193405
399	NC_014629	CG	3	6	22000	22005	0 %	0 %	50 %	50 %	312193405
400	NC_014629	TCT	2	6	22064	22069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193405
401	NC_014629	ACG	2	6	22159	22164	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193405
402	NC_014629	TAA	2	6	22171	22176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
403	NC_014629	TAA	2	6	22192	22197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
404	NC_014629	AGAA	2	8	22200	22207	75 %	0 %	25 %	0 %	312193405
405	NC_014629	ACG	2	6	22345	22350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193405
406	NC_014629	AAT	2	6	22469	22474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
407	NC_014629	TCT	2	6	22475	22480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193405
408	NC_014629	TGA	2	6	22489	22494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312193405
409	NC_014629	TAAC	2	8	22515	22522	50 %	25 %	0 %	25 %	312193405
410	NC_014629	TCA	2	6	22527	22532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
411	NC_014629	GGAAA	2	10	22537	22546	60 %	0 %	40 %	0 %	312193405
412	NC_014629	CA	3	6	22569	22574	50 %	0 %	0 %	50 %	312193405
413	NC_014629	A	6	6	22709	22714	100 %	0 %	0 %	0 %	312193405
414	NC_014629	TCA	2	6	22758	22763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
415	NC_014629	TCA	2	6	22829	22834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
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417	NC_014629	TAA	2	6	23067	23072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
418	NC_014629	ACT	2	6	23083	23088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
419	NC_014629	AAT	2	6	23098	23103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
420	NC_014629	CAT	2	6	23149	23154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
421	NC_014629	ATA	2	6	23164	23169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312193405
422	NC_014629	ATC	2	6	23197	23202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312193405
423	NC_014629	CTGT	2	8	23269	23276	0 %	50 %	25 %	25 %	312193405
424	NC_014629	A	7	7	23362	23368	100 %	0 %	0 %	0 %	312193405
425	NC_014629	TTC	2	6	23380	23385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312193405
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427	NC_014629	ACG	2	6	23496	23501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312193405
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429	NC_014629	T	6	6	23686	23691	0 %	100 %	0 %	0 %	312193405
430	NC_014629	GTT	2	6	23705	23710	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312193405
431	NC_014629	T	6	6	23721	23726	0 %	100 %	0 %	0 %	312193405
432	NC_014629	AACGT	2	10	23753	23762	40 %	20 %	20 %	20 %	312193405
433	NC_014629	ATT	2	6	23788	23793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312193405
434	NC_014629	GAA	2	6	23837	23842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312193405

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.